หลักสูตรโรงเรียนมัธยมลินคอล์นศึกษา แบ่งเป็น 2 ระดับชั้น คือ มัธยมศึกษาตอนต้น และ มัธยมศึกษาตอนปลาย 
โดยแต่ละระดับชั้นแบ่งกลุ่มการเรียน ดังนี้ 


1. หลักสูตรชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น – ห้องเรียนปกติ 


2. หลักสูตรชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย 


  1) ห้องเรียนแผนการเรียนวิทยาศาสตร์ – คณิตศาสตร์ 


  2) ห้องเรียนแผนการเรียนศิลป์ – ภาษาเกาหลี

โดยองค์ความรู้ ทักษะหรือกระบวนการเรียนรู้ และคุณลักษณะอันพึงประสงค์ ซึ่งกำหนดให้ผู้เรียนทุกคนในระดับการศึกษาขั้นพื้นฐานจำเป็นต้องเรียนรู้ โดยแบ่งออกเป็น 8 กลุ่ม



1. ภาษาไทย ความรู้ ทักษะและวัฒนธรรมการใช้ภาษา เพื่อการสื่อสาร ความชื่นชม การเห็นคุณค่าภูมิปัญญาไทย และภูมิใจในภาษาประจำชาติ
2. คณิตศาสตร์ การนำความรู้ทักษะและกระบวนการทางคณิตศาสตร์ไปใช้ในการแก้ปัญหา การดำเนินชีวิต และศึกษาต่อ การมีเหตุมีผล มีเจตคติที่ดีต่อคณิตศาสตร์ พัฒนาการคิดอย่างเป็นระบบบและสร้างสรรค์
3. วิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยี การนำความรู้และกระบวนการทางวิทยาศาสตร์ไปใช้ในการศึกษาค้นคว้าหาความรู้ และแก้ปัญหาอย่างเป็นระบบ การคิดอย่างเป็นเหตุเป็นผล คิดวิเคราะห์ คิดสร้างสรรค์ จิตวิทยาศาสตร์ และการใช้เทคโนโลยี
4. สังคมศึกษา ศาสนา และวัฒนธรรรม การอยู่ร่วมกันในสังคมไทยและสังคมโลกอย่างสันติสุข การเป็นพลเมืองดี ศรัทธาในหลักธรรมของศาสนา การเห็นคุณค่าของทรัพยากรและสิ่งแวดล้อม ความรักชาติและภูมิใจในความเป็นไทย
5. สุขศึกษาและพลศึกษา ความรู้ ทักษะและเจตคติในการสร้างเสริมสุขภาพพลานามัยของตนเองและผู้อื่นการป้องกันและปฏิบัติต่อสิ่งต่างๆที่มีผลต่อสุขภาพอย่างถูกวิธีและทักษะในการดำเนินชีวิต
6. ศิลปะ ความรู้และทักษะในการคิดริเริ่มจินตนาการสร้างสรรค์งานศิลปะสุนทรียภาพและการเห็นคุณค่าทางศิลปะ
7. การงานอาชีพ ความรู้ ทักษะและเจตคติในการทำงาน การจัดการ การดำรงชีวิต การประกอบอาชีพ
8. ภาษาต่างประเทศ ความรู้ ทักษะ เจตคติ และวัฒนธรรม การใช้ภาษาต่างประเทศในการสื่อสาร การแสวงหาความรู้และการประกอบอาชีพ